水轮泵因为是依靠水力推动的机具，在使用中最好浸没入水中，使泻水做功及输水同步进行，特别需要注意的是在进水渠口端设置栅栏以阻隔杂物进入叶轮进水口，以防叶轮堵塞、卡死，严重的会导致泵体破裂，有条件的情况下也可单独引管与进水口对接，确保无任何的杂质进入叶轮及泵体内，保证叶轮的平稳运行。
为了能让水轮泵正常的运行，经常性的进行维护和保养必不可少，主要是检查轴承盒有无水份渗入，轴承有无磨损，如发现情况应该立即更新，叶轮、转轮等有无与泵体、导水座发生碰壳和磨损现象，如听到有异响必须立即关闸停水检修，进行必要的零配件更换、修理、校正。定期检查机坑及尾水管有无破裂、漏水漏气等现象，发现问题应该立即停机修复，定期的清理机坑及尾水管内的泥沙等障碍物，保证进出水能顺畅无阻。